A deficiência de manganês caracteriza-se, de um modo geral, pelo aparecimento de uma clorose entre as nervuras e a borda da folha, enquanto o tecido próximo à nervura central permanece verde. Entretanto, diferente da deficiência de ferro, há a formação do reticulado grosso, sendo que a faixa verde que ocorre paralelamente às nervuras é mais larga. Em uma primavera fria, sintomas leves podem ser vistos em algumas folhas. Estes geralmente desaparecem assim que o tempo esquenta, o que não justifica a realização de tratamento para controle. Os sintomas apresentam-se primeiro nas folhas mais novas, uma vez que o manganês é pouco móvel. No entanto, em situação mais drástica de deficiência pode atingir também as folhas mais velhas.
Devido à pequena quantidade de Mn que o pessegueiro requer, dificilmente ocorrerá deficiência deste elemento em pomares de pessegueiro. Quando o pH do solo aumenta demasiadamente, atingindo valores próximos a 7, poderá ocorrer algum sintoma. Em sistemas de produção de mudas que utilizam substratos à base de turfa também poderão ocorrer sintomas devido à complexação deste nutriente. Para prevenir, deve-se evitar a calagem excessiva. Havendo ocorrência de sintomas em mudas, deve-se utilizar preferencialmente fontes quelatizadas de manganês para controle do problema, seja via solo ou foliar. O controle do pH da solução, mantendo o mesmo abaixo de 6,5, é fundamental nesta situação.