O encharcamento do solo provoca falta de oxigênio (asfixia) nas raízes e consequentemente a sua morte. A morte parcial das raízes mais finas reduz a absorção de água e nutrientes, prejudicando o bom desenvolvimento da planta. Em algumas situações, pode causar o colapso na planta, já que a raiz não consegue atender a demanda por água e nutrientes no início da floração e brotação. A forma de ocorrência no pomar é em reboleiras, tendo relação direta com solos mais sujeitos a encharcamento. Quando danos por encharcamento ocorrem na mesma época da morte-precoce do pessegueiro, os sintomas são muito parecidos, pois há queda de gemas, pouca floração e brotação ou atraso, e posteriormente ocorre seca de ramos. Nesse caso, é importante verificar se nesse local ocorre encharcamento prolongado, que pode resultar na asfixia das raízes. Entre os sintomas em plantas com folhas, no início pode ocorrem o enrolamento de folhas, lembrando problemas de déficit hídrico, mesmo o solo estando molhado. Depois as folhas ficam amareladas (cloróticas), resultando em plantas com clorose generalizada e posterior queda das folhas. Outra maneira é verificar o sistema radicular das plantas suspeitas e analisar a qualidade das raízes, principalmente as mais finas. Caso estejam necrosadas e mortas, isso pode ser um indicativo que as raízes foram asfixiadas.
O pessegueiro é muito sensível ao encharcamento. Portanto, a escolha da área adequada para seu plantio é a primeira medida a ser adotada. Outra medidas que podem ser adotadas preventivamente antes da instalação dos pomares são realizar a subsolagem para melhorar a infiltração de água, drenagem, crescimento de raízes e aproveitamento de nutrientes, fazer a linha de plantio em desnível para facilitar o escoamento de água e evitar seu acúmulo dentro do pomar, além de construir um camalhão alto para não ocorrer encharcamento em torno da planta.
