A fitotoxidez de glifosato causa clorose nas folhas e, posteriormente, dependendo da dose que atingiu a planta, pode resultar em morte das partes atingidas. Esse amarelecimento das folhas geralmente é internerval, ficando o limbo clorótico e as nervuras verdes. Pode ocorrer inibição de crescimento dos brotos e superbrotação. Caso doses mais elevadas consigam atingir as plantas, poderá ocorrer sua morte.
A aplicação de glifosato em pomares deve ser feito em jato dirigido, usando bicos anti-deriva e algum protetor para que névoas da pulverização não atinjam as plantas. Evitar aplicar em horários com ventos que favoreçam a deriva do herbicida. Limpar e podar as plantas, não deixando ramos muito baixos, próximos ao solo. Eliminar os brotos-ladrões que saem do porta-enxerto antes de fazer a aplicação de herbicidas. Não usar doses muito altas de glifosato, para evitar que chegue na raiz das plantas em quantidade suficiente pra causar danos na planta.
