As fases de maior suscetibilidade do pessegueiro à podridão-parda são: floração e desenvolvimento dos frutos. Nas flores causa necrose, que pode se estender aos ramos, formando cancros. Nos frutos, há formação de podridões de cor parda sobre a qual há formação intensa de esporos de cor acinzentada. Depois os frutos atacados desidratam e mumificam, ficando aderidos aos ramos. Os frutos são mais sensíveis à infecção pelo fungo, quanto mais próximos da maturação.
Preventivamente, a adoção de práticas culturais, como poda de limpeza de inverno com remoção de frutos mumificados, ramos doentes (cancros), secos, eliminação de plantas doentes, reduzem o nível de inóculo no pomar para a próxima safra, auxiliando no controle de doenças. A poda de formação e a poda verde são importantes para melhorar a eficiência da aplicação de fungicidas, melhorando a cobertura dos produtos nas superfícies alvo (folhas, ramos, gemas, flores e frutos) para controle das doenças. Medidas para proteger o pessegueiro dos ferimentos por podas drásticas, insetos, granizos, temporais, etc. auxiliam contra a infecção pelo fungo. Evitar o desequilíbrio de nutrientes (ex.: excesso de nitrogênio) no pessegueiro, pois altas doses de nitrogênio e baixo nível de potássio aumentam a suscetibilidade para doenças como a podridão-parda.
Para a podridão-parda os tratamentos fitossanitários são essenciais, começando pelo tratamento de inverno (pulverização de calda sulfocálcica ou fungicidas cúpricos) no período dormente e aplicação de fungicida, recomendados pelo MAPA, nas fases de maior suscetibilidade do pessegueiro, floração e a partir de três semanas antes do início da colheita. A pulverização de fungicidas deve ser feita de maneira preventiva, pois essa doença é muito agressiva e o seu controle se torna pouco eficaz, quando a doença está muito avançada no pomar. Para evitar o surgimento de populações de fungos resistentes aos fungicidas, é importante fazer o uso alternado de diferentes grupos de ingredientes ativos sistêmicos e/ou alternar (ou misturar) com fungicidas de contato (protetores, multisítios).